如何正确处理工程款中的保证金扣除？

1、逐次扣留，即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留

2、一次性扣留，即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。

在合同双方未有另行约定的情况下，原则上则适用第一种方式，即在支付工程进度款时逐次扣留。这也是实践中发包人最经常采用的质保金扣留方式。