重庆社保和医保要分开减员吗

是的。

减员，是单位参保办理的专用名称。单位办理职工社保参保，都是五险合一的，不能只办理医保停保，要停都是一起停的。在职工离职后，办理社保减员，有的城市是要求在网上申报的，有的是可以在社保处现场办理的。

如果系统是分开的话，应该就是分开减员的。